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Aug 03, 2023

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Parasites & Vectors volume 16、記事番号: 265 (2023) この記事を引用 90 アクセス数 4 Altmetric Metrics の詳細 フラビウイルスは RNA ウイルスの多様なグループであり、病因となるウイルスが含まれます。

寄生虫とベクター 16 巻、記事番号: 265 (2023) この記事を引用

90 アクセス

4 オルトメトリック

メトリクスの詳細

フラビウイルスは、蚊によって伝染するジカ熱、デング熱、黄熱病の病原体を含む、RNA ウイルスの多様なグループです。 フラビウイルスは逆転写酵素をコードしておらず、DNA に逆転写することはできませんが、フラビウイルスの DNA 配列はネッタイシマカの染色体に組み込まれていることと、染色体外配列として見つかっています。 以前にAeを調べました。 ネッタイシマカ参照ゲノムを使用してフラビウイルスの組み込みを特定し、464 個の Ae の全ゲノム データ間でのこれらの配列の保存性を分析しました。 ネッタイシマカは世界10か国で収集されました。 ここで、Ae とは独立してこれらのサンプル中のフラビウイルス配列を特定することにより、この分析を拡張しました。 ネッタイシマカのリファレンスアセンブリ。 私たちの目的は、参照ゲノムに存在しないウイルス配列を含むウイルス配列の完全なセットとその地理的分布を特定することでした。 BLASTn を使用して識別された配列を比較し、機械学習手法を適用して類似した配列のクラスターを識別しました。 以前に説明した 4 つのウイルス組み込みイベントに対応する配列のクラスターとは別に、19 のより小さなクラスターを特定しました。 強い地理的関連性を持つ唯一のクラスターは、タイに特有の細胞融合剤ウイルス様配列で構成されていました。 残りのクラスターには地理的な関連性はなく、ほとんどが既知のフラビウイルス ゲノムと強い類似性を持たないほぼ同一の短い配列で構成されていました。 ショートリード配列データでは、同定された配列が染色体外にあるのか、それとも Ae に組み込まれているのかを判断することはできませんでした。 ネッタイシマカの染色体。 私たちの結果は、リバプール株とフィールドAeを示唆しています。 ネッタイシマカは、同様の種類の保存されたフラビウイルス DNA を持っており、その機能的役割は追跡研究で調査される必要があります。

私たちの以前の出版物 [1] では、ネッタイシマカとネッタイシマカの参照ゲノムを調べました。 ヒトスジシマカは、非レトロウイルスの内因性ウイルス要素 (nrEVE) についての理解を深めるために、組み込まれたフラビウイルス配列を同定しました (最近の総説については [2] を参照)。 また、特定されたウイルス配列の保存性を理解するために、公的に入手可能なヤブカ属の全ゲノム配列データも調べました。 Ae では nrEVE が存在することがわかりました。 ヒトスジシマカは非常に多様で、ほとんど保存されていませんでした。 対照的に、Ae のほぼすべての nrEVE が存在することがわかりました。 ネッタイシマカ参照ゲノムは、4 つの異なるウイルス統合イベント (VIE) に由来します。 我々は、参照ゲノム内のフラビウイルス nrEVE 配列の多様性は、これら 4 つの VIE の重複と断片化の結果であると結論付けました。 エー。 ネッタイシマカ nrEVE フラグメントは、調べた配列決定されたほぼすべての分離株に存在していましたが、クレードのない星状系統構造を示し、共通の祖先からの最近の個体群拡大事象を示しています。

これらの 4 つのコアイベントに加えて、我々の以前の研究では、Ae 内に多くの短い (< 50 nt) フラビウイルス様配列が観察されました。 ネッタイシマカの参照ゲノムですが、当時は分析していませんでした[1]。 さらに、他の調査では、細胞融合剤ウイルス (NC_001564.2) と非常に高い同一性 (> 95%) を持ち、ある程度の地理的特異性を備えた長い配列が発見されました [3、4]。 他の研究では、フラビウイルス感染中にネッタイシマカによってウイルス DNA が生成されることが判明しています [5、6]。

私たちの以前のアプローチの限界は、蚊の参照ゲノムに存在する nrEVE に焦点を当てていたことでした。 この短いレポートでは、Ae の推定フラビウイルス DNA (pfDNA) の状況を調べることによって、この制限に対処します。 参照ゲノムとは独立してネッタイシマカ。 具体的には、参照ゲノムに存在しない地理的に特異的な pfDNA を特定することを目的としました。 堅牢な分析では、地理的領域全体で保存された配列シグナルを強化するために、蚊 DNA とウイルス配列間の一致長が非常に短い高品質配列も意図的に含めました。 ショートリード配列データを使用しているため、pfDNA 配列が染色体内にあるのか染色体外にあるのかを判断することはできません。 また、以前に記載されているように、4 つのウイルス組み込みイベント (VIE1 から VIE4) に属する配列も再検査しません [1]。 分析のために、公開されている 464 個の Ae を調整しました。 ネッタイシマカ全ゲノム配列決定 (WGS) ライブラリ [7] をすべての NCBI RefSeq データベースに追加 フラビウイルス科配列 (n = 118、2020 年 4 月現在) [7] および以前に同定した nrEVE [1] (表 1、追加ファイル 2: 図 1)。 S1)。 アライメントには、bowtie2 ソフトウェア [8] を非常に高感度な設定 (-D 15 -R 2 -N 0 -L 11 -i S、1、0.75) で使用しました。 マッピングされたリードは、SPAdes (v3.13.0) ソフトウェア [9] を使用して de novo で 25,049 個のコンティグに組み立てられ、分離株あたりのコンティグ数の中央値は 53 個でした (範囲: 8 ～ 138)。 コンティグの長さの分布は、長さの中央値が 200 nt、最長コンティグが 10,057 nt の指数関数的な分布に従いました。